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近年来,基于质谱技术的蛋白质组学飞速发展,因其具有检测直接,数据量丰富的优势,在揭示疾病病理机制、疾病分型与标志物鉴定、靶点发现与药物开发中得到广泛应用。例如在关于神经退行性疾病的研究中,已成功发现多种蛋白疾病标志物和治疗靶点。除了蛋白丰度差异外,蛋白结构也是影响蛋白功能的一个重要因素,然而针对蛋白结构差异的高通量筛选尚未实行。基于蛋白酶水解可及性变化的LIP-MS技术可以在蛋白组水平上同时观察蛋白丰度和结构的变化,则为神经退行性疾病新型标志物的发掘提供了助力。

研究背景
在多种神经退行性疾病中,衰老被认为是一个重要的影响因素。对于大脑衰老的深入研究有助于更好地理解此类疾病的发展进行。脑脊液种的蛋白及其结构与衰老和神经退行性疾病密切相关,在蛋白组水平上对蛋白结构变化进行筛选有助于发现衰老相关的蛋白复合物和新型标志物。
研究方法
对照组为3月龄小鼠(n=76),实验组为18月龄小鼠(n=34);收集脑脊液并去除含细胞成分和血液污染,混合为对照组16个样本,实验组8个样本。将每个样本等分为两份,其中一份进行LIP-MS实验筛选发生结构变化的蛋白,另一份进行DIA检测,对样本中的蛋白丰度进行校正。

研究结果
研究者在实验组样本(衰老小鼠)中发现了38种显著差异蛋白,其中主要为IgM亚型的免疫球蛋白。其中有6种高度置信的蛋白呈现显著结构变化,在此前关于阿尔兹海默症病人大脑的研究中,这6种蛋白也表现出了显著性改变。后续的WB和SOMAmer实验验证了这6种蛋白与大脑认知功能高度相关,尤其是14-3-3蛋白YWHAB和YWHAZ可用作检测神经退行性疾病的生物标志物。以上结果表明LIP-MS可作为揭示蛋白结构变化的有效研究手段,适用于新型疾病标志物的发掘和探究。

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